.
На фронте Великой Отечественной войны Проходил службу в составе 159-го истребительного авиационного полка (275-я истребительная авиационная дивизия) на должности старшего лётчика. Летал на самолёте Ла-5.
.
.
В ходе боевых вылетов Игнасио участвовал в штурмовках войск противника, сопровождении бомбардировщиков, воздушном прикрытии войск, разведке и воздушных боях. Согласно воспоминаниям сослуживцев, Игнасио в свободное от полётов время любил играть на гитаре и петь.
По состоянию на 19 февраля 1944 года он выполнил 30 успешных боевых вылетов, из которых 20 пришлись на прикрытие войск на поле боя, 3 — на прикрытие пунктов ПВО, 3 — на сопровождение бомбардировщиков, 4 — на разведку и штурмовку противника. Также Игнасио провёл три воздушных боя, вместе с ведущим сбил один самолёт противника и подбил ещё один самолёт. В ходе штурмовок им был уничтожен эшелон противника в составе 30 вагонов, 5 цистерн и паровоза, 10 автомобилей с войсками и грузом и до 70 солдат противника. В частности, 7 февраля 1944 года во время штурмовки эшелона лётчик, ведя бой против FW-190, мгновенно развернулся и отсёк противника, чем спас жизнь своего командира Пащенко. Вышеупомянутый FW-190, преследуя летевшего в паре с ведущим Игнасио, был сбит.
.
Старший лётчик 159 иап младший лейтенант Игнасио Агиррегойкоа погиб 9 марта 1944 года.
В этот день он взлетел с аэродрома Гдова (Псковская область) для выполнения полётного задания, содержание которого остаётся неизвестным. По свидетельствам очевидцев тех событий, самолёт Агирре пролетел над городом Муствеэ в направлении посёлка Лохусуу и затем исчез. На борту самолёта не было ни авиабомб, ни каких-либо пропагандистских листовок; никто не видел, чтобы из самолёта кто-либо выпрыгивал с парашютом. Выяснилось, что самолёт Агиррегойкоа был сбит над Муствеэ немецкими зенитными орудиями и рухнул на лёд Чудского озера. После жёсткой посадки лётчик выбрался из самолёта и вступил в перестрелку с подбежавшими к месту крушения бойцами эстонской самообороны («Омакайтсе»). В ходе перестрелки он был ранен в ногу, поэтому убежать от преследователей далеко не мог, к тому же путь ему частично преграждала трещина во льду Чудского озера. В итоге лётчик, чтобы не попасть в плен, застрелился из револьвера.
8 мая 1944 года приказом Главного управления кадров НКО СССР по личному составу армии младший лейтенант Игнасио Бенито Агирре, не вернувшийся с боевого задания, подлежал исключению из списков Красной армии как пропавший без вести. Из списков личного состава был окончательно исключён 26 мая 1944 года.
.
.
Тело лётчика спустя несколько дней после его гибели обнаружили жители посёлка Лохусуу, отнеся его к паперти местной церкви. С разрешения немецкой оккупационной администрации он был похоронен на кладбище в посёлке.
В 1973 году в Муствеэ на побережье Чудского озера останки Игнасио Агиррегойкоа были перезахоронены в братской могиле вместе с останками полковника Трофима Муравьёва и 241 советского солдата, погибших в окрестностях Муствеэ. На могиле был установлен памятник в виде бронзовой девушки, официально носящий имя «Скорбящая» (местные прозвали его «Бедной Лизой» из-за печального выражения лица).
В 1990-е годы община местных старообрядцев во главе с Зосимой Йоткиным, пытаясь защитить памятник от вандалов, установила перед ним православный крест, рассчитывая, что это убедит злоумышленников не трогать памятник.
.
.
Памятник "Скорбящая женщина" стоит на учете в Государственном регистре памятников культуры Эстонской Республики как братская могила воинов, погибших во Второй мировой войне.
.
23 апреля 1965 года в газете Meie Kodu, выходившей в Муствеэ, была опубликована статья Sa ei ole unustatud, Benito Agirre! (с эст. — «Тебя не забыли, Бенито Агирре!»), автором которой был директор средней школы № 2 города Муствеэ Игорь Анисимов. Он обратился к местному исполкому с просьбой назвать именем лётчика одну из новых улиц. Вскоре улице присвоили новое имя: Benito Agirre tänav — улица Бенито Агирре. Проживавшие там люди специально объясняли своим родственникам, как правильно писать на конвертах новое название улицы, хотя письма по этим адресам приходили, даже несмотря на грубые ошибки в названии улицы.
Улица в Муствеэ продолжила носить имя Бенито Агирре и после признания суверенитета и независимости Эстонской Республики. Со слов журналиста Юхани Пюттсеппа, в 1999 году по этой улице располагалось 15 частных домов, а также проходил мост через небольшую речку. Местные жители в целом знали, что улице присвоили имя в честь погибшего лётчика, хотя излагали совершенно разные детали гибели, иногда называя погибшего итальянским лётчиком. Подробный репортаж об истории присвоения улице этого имени опубликовал в 1999 году Юхани Пютссепп в газете Postimees. Спустя некоторое время в той же газете историк Каупо Деэмант заявил, что Игнасио мог быть участником бомбардировки Таллина 9 марта, поэтому его именем называть улицу было как минимум неуместно, даже несмотря на то, что Муствеэ не пострадал во время войны. Однако доказательств участия Агиррегойкоа в бомбардировке Таллина официально не было представлено. Среди новых названий для улицы Бенито Агирре были улица Кирику (эст. Kiriku — «Церковная»), Йыэ (эст. Jõe — «Ручейковая») и «Силла» (эст. Silla — «Мостовая»).
В 2002 году вышла статья Пеэтера Пялла, в котором были указаны подлинное имя и фамилия фамилии испанского лётчика. После этого в эстонской прессе началась кампания за изменение названия улицы в соответствии с правилами баскского языка: предложение переименовать улицу в том же году опубликовал журналист Юхани Пюттсепп в газете Eesti Ekspress. По состоянию на 2012 год переименование не состоялось. В 2022 году вопрос снова был поднят по инициативе министра государственного управления Рийны Солман, однако власти города снова сообщили, что информации об участии Бенито Агирре в авианалёте на Таллин 9 марта 1944 года не было найдено.
.
Награждён орденом Красной Звезды (23.02.1944) — за образцовое выполнение боевых заданий командования на фронте борьбы с немецкими захватчиками и проявленные при этом доблесть и мужество и медалью «За оборону Ленинграда» (05.09.1942)..
